Objekt-Metadaten
| Mason Holtgrewe, Manuel ; Universität <Berlin, Freie Universität> / Fachbereich Mathematik und Informatik |
| Haupttitel | Mason |
| Titelzusatz | a read simulator for second generation sequencing data |
| Autor | Holtgrewe, Manuel |
| Institution/Körperschaft | Universität <Berlin, Freie Universität> / Fachbereich Mathematik und Informatik |
| Seitenzahl | 18 S. |
| Schriftenreihe | Freie Universität Berlin, Fachbereich Mathematik und Informatik : Ser. B, Informatik ; [20]10,06 |
| Freie Schlagwörter | read mapping; second generation sequencing; simulation |
| DDC | 005 Programmierung, Programme, Daten |
| Zusammenfassung | We present a read simulator software for Illumina, 454 and Sanger reads. Its features include position specific error rates and base quality values. For Illumina reads, we give a comprehensive analysis with empirical data for the error and quality model. For the other technologies, we use models from the literature. It has been written with performance in mind and can sample reads from large genomes. The C++ source code is extensible, and freely available under the GPL/LGPL. |
| Dokumente |
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| Fachbereich/Einrichtung | FB Mathematik und Informatik |
| Arbeitsbereich/Institut | Insitut für Informatik |
| Erscheinungsjahr | 2010 |
| Dokumententyp/-Sammlungen | Buch |
| Sprache | Englisch |
| Rechte | Nutzungsbedingungen |
| Erstellt am | 29.09.2010 - 09:48:19 |
| Letzte Änderung | 22.01.2015 - 16:42:46 |
| Statische URL | http://edocs.fu-berlin.de/docs/receive/FUDOCS_document_000000006687 |
| Zugriffsstatistik | |
