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Accurate multiple sequence-structure alignment of RNA sequences using combinatorial optimization
Bauer, Markus ;  Klau, Gunnar W. ;  Reinert, Knut ;  Universität <Berlin, Freie Universität> / Fachbereich Mathematik und Informatik

HaupttitelAccurate multiple sequence-structure alignment of RNA sequences using combinatorial optimization
AutorBauer, Markus
AutorKlau, Gunnar W.
AutorReinert, Knut
Institution/KörperschaftUniversität <Berlin, Freie Universität> / Fachbereich Mathematik und Informatik
Seitenzahl30 S.
Schriftenreihe Freie Universität Berlin, Fachbereich Mathematik und Informatik : Ser. B, Informatik ; [20]07,06
DDC005 Programmierung, Programme, Daten
ZusammenfassungBackground: The discovery of functional non-coding RNA sequences has led to an increasing interest in algorithms related to RNA analysis. Traditional sequence alignment algorithms, however, fail at computing reliable alignments of low-homology RNA sequences. The spatial conformation of RNA sequences largely determines their function, and therefore RNA alignment algorithms have to take structural information into account.

Results: We present a graph-based representation for sequence-structure alignments, which we model as an integer linear program (ILP). We sketch how we compute an optimal or near-optimal solution to the ILP using methods from combinatorial optimization, and present results on a recently published benchmark set for RNA
alignments.

Conclusions: The implementation of our algorithm yields better alignments in terms of two published scores than the other programs that we tested: This is especially the case with an increasing number of input sequences. Our program LaRA is freely available from http://www.planet-lisa.net.
Dokumente
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Fachbereich/EinrichtungFB Mathematik und Informatik
Arbeitsbereich/InstitutInstitut für Informatik
Erscheinungsjahr2007
Dokumententyp/-SammlungenKarten
SpracheEnglisch
Rechte Nutzungsbedingungen
Erstellt am14.10.2009 - 12:38:05
Letzte Änderung23.01.2014 - 16:21:33
 
Statische URLhttp://edocs.fu-berlin.de/docs/receive/FUDOCS_document_000000003915
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